A debreceni reformátusság második istentiszteleti helyét egy 1661-es forrás említi először. A korábbi épület az 1719-es tűzvész során helyrehozhatatlan károkat szenvedett. Ekkor kezdték el építeni a mai, nagy méretű, harangtornyot is magába foglaló kőtemplomot.

A hatéves építkezés után átadott templomépület egy 1727-ben bekövetkező újabb tűzvész rongálása miatt további munkálatokat igényelt. A hosszan elhúzódó építési folyamat végül is 1731-re záródott le. Az építéshez biztos anyagi hátteret biztosított a kegyes debreceni házaspár, Bátori Szabó András és felesége, Mészáros Anna végrendeleti alapítványa, amit a hívek önkéntes adományai és kitartó közmunkája egészített ki.

Az a történelmi tény, hogy az építkezésre az ellenreformáció helyi felerősödésével jellemezhető korszakban került sor, a templomhoz sajátos jelentést kapcsolt: a reformátusok önazonosságvédő igyekezetének jelképes helyévé tette. Ezt a képet erősítette tovább az a nevezetes egyházkerületi közgyűlés, mely 1860-ban a magyar protestáns egyházak autonómiáját megszüntetni kívánó császári pátens ellen tiltakozott. Ekkor hangzott el Balogh Péter püspök szájából a nevezetes mondat, a császári megbízottnak „A gyűlést a király nevében betiltom” kijelentésére: Én pedig Isten nevében megnyitom! Történetét áttekintve joggal nevezhetjük ezt az Istenházát a „Helytállás templomának”. Az eseményt 1925 óta az épület falán egy külön emléktábla is megörökíti.

Érdekesség, hogy a jelenlegi utca járószintjénél több lépcsőfokkal lejjebb van a templom padlózata.

Ez nem azt jelenti, hogy megsüllyedt volna, hanem a környezete töltődött fel a város fejlődése során. A templom története nagyon viszontagságos: alig egy évvel átadása után leégett, majd amikor helyreállították, megemelték a tornyát, és egy hagyma alakú barokk süveggel látták el. Később is többször megrongálta a tűz, egyszer pedig egy földrengés során repedeztek meg a falai. Számos alkalommal határozták el, hogy lebontják, de mindannyiszor csak kisebb változtatásokat hajtottak végre rajta. 1907. áprilisában aztán egy szélvihar helyrehozhatatlan károkat okozott a toronysisakban. Többszöri sikertelen helyreállítási kísérlet után – a Schulek János műépítész által irányított 1926/27-es renováció során – a csonka tornyot bástya formájában állították helyre. Ez az építészeti megoldás a „csonka templomot” a kereszténység egészét ostromló modern idők nehézségei között helytálló bástyaként mutatja be.

A Debrecent pusztító tűzvészek nem kímélték a Kistemplomot az évszázadok során, így megmagyarázható, miért kapott helyet a több emeletes templomtoronyban egy tűzőr szoba, melynek rekonstrukcióját meg is tekinthetik a látogatók. A puritán berendezésű helyiségben adtak őrséget a Debreceni Református Kollégium tűzoltó deákjai, akik egy hosszú rúdon kilógatott vörös színű zászlóval jelezték, melyik égtáj irányában lettek figyelmesek a felcsapó lángokra.

A templom egyik legnagyobb látványossága a három manuálos, 47 regiszteres orgona, amelynek sípsorai közül némelyik még a barokk hangzást hordozza, de mások már a romantikához alkalmazkodnak, ezzel történelmi hangszerek között is kuriózum.

Az egyházközség korábbi és mai arculatához is szervesen hozzátartozik a komolyzene, azon belül is a tradicionális egyházzene ápolása, visszamenően egészen a 16. századig.

Az orgona mellett elhelyezett hanghordozókon található egy zenei kincstár, melyből szabadon válogathat a látogató, meghallgatva Magyarország legrégebbi, 1739 óta folyamatosan működő kórusának, a Debreceni Református Kollégium Kántusának előadásában a zsoltáréneklés legszebb példáit.

A templomtérben elhelyezett információs pult menü pontjai közül választva részletesen megtekinthetik a Kistemplom klenódium és textilgyűjteményét, valamint megismerhetik a Kistemplom közelében a 16. század óta működő Ispotály történetét, mely alapja volt a mai Debrecen egészségügyi és szociális intézményhálózatának.

Egykori Ispotály  története: (a Raktár utca, az Ispotály utca és a Salétrom utca által határolt terület)

Ma már csak egyetlen megmaradt épület emlékeztet az 1944. június 2-ai bombázás előtt egész kis városrészt kitevő épületcsoportra, a régi református ispotálytelepre és templomára. A kiterjedt diakóniai tevékenységet, a szegény-, árva- és idősgondozás mellett fogyatékkal élők ápolását egyaránt végző intézmény története 1529-ig vezethető vissza. Ekkor készült el az az alapítólevél, mely egy debreceni polgár, Boncz László saját belvárosi házában létrehozott szeretetházának működését és fenntartását szabályozta. Az alapító halála után a városi tanács felügyelete alatt működő intézmény 1553 után egyszerre két helyszínen is tevékenykedett. A város református polgársága keresztyén hitgyakorlata lényeges részének tekintette, hogy adományaival és végrendeleti hagyatékaival folyamatosan gondoskodjon a szeretetház működéséről. Miután 1704-ben a „külső ispotály” mellé református templomot építettek és a gondozottak ellátását felügyelő külön lelkipásztori állást létesítettek, a „belső ispotály” tevékenységeit is áthelyezték oda. A város és a református egyház által két évszázadon keresztül együtt működtetett intézmény Mária Terézia 1752-es rendelete következtében egyházi tulajdon lett. 1844-ben az Ispotály-telepen élő, részben árva gyermekeknek óvodát építettek, 1914-ben diakonissza anyaházat alapítottak.